Stagiaire Développeur Bio-informatique – Modules d'interaction de fichiers VCF (H/F)

Informations générales

Entité de rattachement

Limagrain Europe est un pur semencier guidé par de solides racines agricoles. Via sa marque internationale, LG, la société crée des solutions innovantes basées sur une offre multi-espèces commercialisée par 20 filiales et vente. LG, marque présente dans plus de 50 pays, est un des leaders européens en semences de maïs, blé, orge, colza et tournesol.

Limagrain Europe, contribue chaque jour au progrès de l'Agriculture, en développant des solutions génétiques et agronomiques permettant aux agriculteurs d'atteindre une meilleure performance tout en relevant les défis environnementaux et sociétaux.

Limagrain Europe est une Business Unit de Limagrain, coopérative agricole détenue par des agriculteurs français et un groupe international, 4e semencier mondial. Créateur et producteur de variétés végétales, Limagrain commercialise des semences de grandes cultures, des semences potagères et des produits agroalimentaires.

Pour plus d'informations, retrouvez-nous sur : www.limagrain-europe.com
  

Référence

2024-9963  

Localisation

Saint Beauzire

Description du poste

Type de contrat

Stage

Durée du contrat

6 mois

Temps de travail

Temps complet

Famille de métier

RECHERCHE ET INNOVATION - TRAIT ET SUPPORT SCIENTIFIQUE

Finalité du poste

Contexte : La détection des variations structurales au sein des génomes, tels que les SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) et les indels (insertions/délétions), revêt une importance capitale dans la sélection variétale moderne. Ces variations génétiques peuvent influencer directement des caractéristiques phénotypiques des plantes cultivées. En identifiant et en comprenant ces variants, les sélectionneurs peuvent accélérer le processus de sélection variétale, en ciblant directement les allèles favorables qui confèrent des traits d’intérêt.

Dans ce contexte, nous avons construit une base de données répertoriant les variations structurales présentent au sein de nos espèces d’intérêt. Nous souhaitons à présent mettre à disposition cette ressource via une interface web « user-friendly ». Le stage s’inscrit dans ce projet et vise à développer différents modules d’interrogation des fichiers VCF (Variant Call Format) permettant de répondre aux besoins de nos utilisateurs.

Vos Missions

Vous intégrerez l’équipe Outils Génomiques appartenant à la plateforme Génomique Appliquée composée de bio-informaticiens et généticiens.

Vous serez amené à développer des modules d’interrogation de fichiers VCF qu’il vous faudra intégrer à une interface web.

Pour ce faire, vous  :

Interagissez avec les futurs utilisateurs afin comprendre leurs besoins et identifier des solutions adaptées.
Identifiez les outils et les commandes associés pour l’interrogation des VCF.
Implémentez ces outils au sein de modules accessibles via l’interface graphique.
Testez et validez les modules développés.
Documentez les codes et les procédures pour faciliter la maintenance et l’évolution des outils.

Compétences : ce que nous attendons de vous

Vous êtes étudiant(e) en Master 2 Bio-informatique ou domaine connexe ? 
Vous maitrisez les commandes Unix ? 
Vous connaissez un langage de programmation (Python, R, Bash)? 
Connaissance en utilisation d’un cluster de calcul ? 

Alors ce poste va vous intéresser!

Si en plus vous avez des connaissance en analyse de données génomiques, 
des compétences en programmation web, des connaissances sur la structure et le traitement de fichiers VCF , 

Alors vous êtes le candidat que nous recherchons! 

Compétence organisationnelle, autonomie, rigueur et esprit d’initiative.
Capacité à travailler en équipe.
Langue : Français (courant), anglais (scientifique) oral et écrit.

Vos avantages et votre environnement de travail

Date de début du stage : Février-Mars 2025

Durée du stage : 6 mois

Lieu : Centre de Recherche de Chappes (CRC) – 15 route d’Ennezat, 63720 Chappes

 

Nous rejoindre, c'est bénéficier de divers avantages :

- Prime d'intéressement
- Mutuelle familiale
- Plan retraite supplémentaire
- Avantages CE
- Un « équilibre de vie » : accord télétravail pour les postes compatibles jusqu'à 8 jours/mois, restaurant et crèche d'entreprise
- Un parcours d'intégration et des formations régulières.

Nous rejoindre, c'est intégrer une coopérative agricole et un Groupe à dimension internationale offrant des perspectives de carrières en France et dans le monde.

Chez Limagrain, nous agissons pour la diversité & l'inclusion, sources de progrès et de richesse pour l'entreprise.

Vous vous reconnaissez dans ce profil, alors n'attendez plus et rejoignez-nous dès maintenant pour vivre l'Aventure Limagrain !

Processus de recrutement

Une première étape consiste en un examen des candidatures par Tiffany, notre Responsable Acquisition des Talents. (Une préqualification téléphonique peut avoir lieu)

- Un premier entretien est organisé avec le futur manager.

- Un second entretien RH est organisé peu de temps après.

Enfin, un retour est fait aux candidats shortlistés. 

 

Société

LIMAGRAIN EUROPE SAS

Localisation du poste

Localisation du poste

Europe, France, Auvergne, Puy de Dôme (63)

Lieu

Rte d'Ennezat, 63720 Chappes, France

Critères candidat

Niveau d'études min. requis

Master ou équivalent

Niveau d'expérience min. souhaité

jeune diplômé

Langues

Anglais (3 - Opérationnel)

Demandeur

Poste à pourvoir le

01/02/2025