Ingénieur Bioinformatique F/H

Informations générales

Entité de rattachement du publieur

L'Assistance publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP) est un centre hospitalier universitaire à dimension européenne mondialement reconnu.
Ses 38 hôpitaux accueillent chaque année 10 millions de personnes malades : en consultation, en urgence, lors d'hospitalisations programmées ou en hospitalisation à domicile.
Elle assure un service public de santé pour tous, 24h/24, et c'est pour elle à la fois un devoir et une fierté.
L'AP-HP est le premier employeur d'Ile-de-France : 100 000 personnes – médecins, chercheurs, paramédicaux, personnels administratifs et ouvriers – y travaillent.

Au cœur de l'Institution, le Siège de l'AP-HP rassemble sous un même périmètre les directions fonctionnelles et les établissements qui lui sont rattachés :
CFDC (Centres de Formation et de Développement des Compétences), ACHAT (Achat Centraux Hôteliers Alimentaires et Techniques),
DRCI (Département de la Recherche Clinique et de l'Innovation) et DSN (Direction des Services numériques).
Avec ses 4000 collaborateurs, le Siège assure un rôle d'expert, de pilote et de coordinateur pour l'ensemble des hôpitaux.

Engagée dans des projets novateurs et stratégiques au service des patients, l'AP-HP recherche aujourd'hui de nouveaux talents pour mener à bien sa mission.
Vous êtes l'un d'eux ? Venez nous rejoindre !
  

Date de parution

24/09/2024

Description du poste

Métier

Informatique & Numérique - Applications - Développement

Intitulé du poste

Ingénieur Bioinformatique F/H

Type de contrat

Titulaire ou CDI

Rémunération

40 000 - 65 000 brut annuel, selon profil

Télétravail

Oui

Présentation du service

La Direction des Services Numériques (DSN) de l’AP-HP fournit des services numériques aux patients et aux professionnels, dont le dossier patient, des systèmes pour la biologie et l’imagerie. Elle fournit également des services pour la réutilisation secondaire des données de santé, au service du pilotage, de la recherche et de l’innovation, au travers du EDS.

A l’AP-HP, le site hospitalier de la Pitié Salpêtrière assure une activité de biologie médicale 24h/24 et 7 jours sur 7. L’activité́ de biologie est organisée dans 10 services ou structures internes au département médico-universitaire BioGem, parmis lesquels l’unité fonctionnelle de génomique du développement du département de génétique médicale.

Dans le cadre de ses activités de médecine génomique, le département de génétique médicale héberge des compétences en bioinformatique, et travaille également en étroite collaboration avec MOABI, la plateforme de bioinformatique de l’APHP. 

Au sein du pôle Innovation et Données de la DSN de l'AP-HP, la plateforme de bioinformatique MOABI a pour missions la centralisation progressive du stockage des données de génomique produites au niveau de 39 hôpitaux, leur analyse dans le cadre de processus maitrisés et normalisés, la mise à disposition d’outils d’exploitation des résultats, l’animation d'une communauté bioinformatique de l’AP-HP regroupant plusieurs dizaines d'ingénieurs, le support technique et scientifique, la formation et la veille technologique en bioinformatique.

Vos missions

Afin de soutenir plus particulièrement les innovations portées par le département de génétique médicale, tout en renforçant ses activités bioinformatiques transversales de la plateforme MOABI, nous recherchons un.e ingénieur.e en bioinformatique, afin de prendre en charge le développement et la mise en place de pipeline d’analyse de données, et en particulier : 

- Pipeline d’analyse de données d’exome

- Pipeline d’analyse de données de transcriptome 

- Participer au développement de pipeline d’analyse de données Nanopore 

Profil recherché

Diplôme : Ingénieur(e) A+ et/ou PhD et/ou MD (Bioinformatique, Mathématiques, Biostatistique, Informatique) (bac+5)

Niveau d'expérience : profil junior accepté

Compétences :
- Excellente connaissance des langages Python et Bash
- Excellente connaissance de snakemake
- Excellente connaissance de docker
- Maîtrise de l'environnement Linux/Unix, idéalement distribution Debian

Savoir-faire et savoir être :
- Excellentes qualités relationnelles et organisationnelles
- Excellent esprit d'équipe et sens relationnel
- Excellentes qualités de communication
- Autonomie, rigueur, méthode
- Capacité de travail très importante, associée à un fort dynamisme.
- Curiosité et capacité d'adaptation et d'anticipation
- Fort intérêt pour le domaine des sciences biologiques et/ou médicales.
- Adhésion aux valeurs du service public et intérêt prononcé pour le domaine de la santé
- Adhésion aux valeurs de partage de connaissances et de compétences

Horaires de travail

25 jours de congés et 19 jours de RTT

Les avantages de l'AP-HP

Vos avantages à l'AP-HP

Possibilité de télétravail si le poste le permet ;

Remboursement partiel des transports en commun (75%) ou forfait mobilité ; 

Accès au restaurant du personnel à tarifs avantageux ; 

Un centre formation et de développement des compétences interne pour les formations management, les renforcement Métiers… ;

19 jours de RTT, en plus des 25 jours de congés ; 

Une offre de sorties culturelles, de voyages, de centres de vacances pour les titulaires et CDD sur poste permanent (AGOSPAP), des réductions et des bons plans (HOPTISOINS) ; 

Pour les enfants, crèches internes, voyages culturels, séjours linguistiques et possibilité de bénéficier du supplément familial de traitement.

Localisation du poste

Localisation du poste

France, Ile-de-France, Paris (75)

Ville

Paris 12

Hôpital et/ou site

Direction des Services Numériques