Stage Ingénieur/Master de recherche dans les sciences de l'information H/F
Fontenay-aux-Roses
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CEA
Le CEA est un acteur majeur de la recherche, au service de l'Ătat, de l'Ă©conomie et des citoyens. Il apporte des solutions concrĂštes Ă leurs besoins dans quatre domaines principaux : transition Ă©nergĂ©tique, transition numĂ©rique, technologies...Informations gĂ©nĂ©rales
Entité de rattachement
Le CEA est un acteur majeur de la recherche, au service des citoyens, de l'économie et de l'Etat.Il apporte des solutions concrÚtes à leurs besoins dans quatre domaines principaux : transition énergétique, transition numérique, technologies pour la médecine du futur, défense et sécurité sur un socle de recherche fondamentale. Le CEA s'engage depuis plus de 75 ans au service de la souveraineté scientifique, technologique et industrielle de la France et de l'Europe pour un présent et un avenir mieux maßtrisés et plus sûrs.
ImplantĂ© au cĆur des territoires Ă©quipĂ©s de trĂšs grandes infrastructures de recherche, le CEA dispose d'un large Ă©ventail de partenaires acadĂ©miques et industriels en France, en Europe et Ă l'international.
Les 20 000 collaboratrices et collaborateurs du CEA partagent trois valeurs fondamentales :
⹠La conscience des responsabilités
⹠La coopération
⹠La curiosité
 Â
Référence
2024-34521 ÂDescription de l'unitĂ©
MIRCen - Molecular Imaging Research Center - est une installation de recherche préclinique développée par le CEA et l'INSERM. Cette installation, basée sur le site CEA de Fontenay-aux-Roses, est constituée d'un ensemble de plateformes dédiées au développement et à la validation de modÚles animaux pertinents de pathologies humaines. Ces modÚles sont utilisés pour le développement et la validation de nouvelles techniques permettant de détecter des déficits à un stade précoce de la maladie. Ils sont également utilisés pour évaluer des thérapies innovantes dans le domaine des maladies neurodégénératives.
Description du poste
Domaine
Autre
Contrat
Stage
Intitulé de l'offre
Stage Ingénieur/Master de recherche dans les sciences de l'information H/F
Sujet de stage
Création d'une infrastructure logicielle de test pour la segmentation cellulaire par
IA de données cérébrales acquises par microscopie optique
Durée du contrat (en mois)
6
Description de l'offre
L'objectif de ce stage sera de spĂ©cifier et de mettre en Ćuvre une infrastructure logicielle gĂ©nĂ©rique permettant de recenser et de tester les mĂ©thodes de rĂ©fĂ©rence de segmentation cellulaire par deep learning disponibles dans la
communautĂ©. Les mĂ©thodes identifiĂ©es devront permettre de segmenter les diffĂ©rents types cellulaires dâintĂ©rĂȘt en neurosciences (neurones, astrocytes, cellules gliales âŠ) Ă partir de donnĂ©es de tissus cĂ©rĂ©braux 2D acquises par microscopie optique en fond clair ou en fluorescence. LâĂ©tude automatisĂ©e et Ă grande Ă©chelle des populations de cellules et de leurs propriĂ©tĂ©s gĂ©omĂ©triques (taille, forme, distribution) fournit des biomarqueurs dâun grand intĂ©rĂȘt pour caractĂ©riser avec prĂ©cision les modĂšles de maladies neurodĂ©gĂ©nĂ©ratives et Ă©galement pour mieux Ă©valuer et valider de nouvelles approches thĂ©rapeutiques.
Une étude approfondie des méthodes de l'état de l'art de segmentation sémantique et par instance des cellules sera réalisée dans un premier temps en se concentrant sur les derniÚres techniques de Deep Learning.
Par la suite, lâorganisation dâune base de donnĂ©es 2D de rĂ©fĂ©rence sera spĂ©cifiĂ©e (ontologie des donnĂ©es). Il en dĂ©coulera la crĂ©ation dâune base de rĂ©fĂ©rence (images de microscopie, segmentations de rĂ©fĂ©rence) constituĂ©e de donnĂ©es issues des projets de lâĂ©quipe et de donnĂ©es disponibles identifiĂ©es lors de la phase de recherche bibliographique.
En parallĂšle, une organisation logicielle sera dĂ©crite afin de pĂ©renniser les logiciels identifiĂ©s et de les partager au sein de lâĂ©quipe et du laboratoire. Les solutions envisagĂ©es pourraient se baser sur un gestionnaire de paquets de type mamba, pixi, etc. et/ou des logiciels de containerisation (apptainer). Les logiciels seront dĂ©ployĂ©s selon lâinfrastructure dĂ©crite et utilisĂ©s pour Ă©valuer de façon rigoureuse et quantitative leur capacitĂ© Ă rĂ©aliser les tĂąches : 1) de segmentation sĂ©mantique (segmentation des pixels en un nombre limitĂ© de classes âneurones, astrocytes,
fond, etc.-) et 2) de segmentation dâinstances (individualisation des composantes cellulaires des tissus Ă©tudiĂ©s).
Le ou la candidat(e) aura accĂšs Ă des ressources computationnelles (station de travail, moyens de calcul intensif CPU/GPU voire cluster de calcul) ainsi quâĂ un encadrement expert adaptĂ©s au projet.
Le stage aboutira Ă la mise en place et Ă lâĂ©valuation quantitative des principales mĂ©thodes identifiĂ©es au sein de lâinfrastructure créée. Cette infrastructure logicielle aura pour vocation Ă ĂȘtre pĂ©rennisĂ©e au sein du laboratoire et Ă ĂȘtre Ă©tendue Ă dâautres technique dâIA ce qui permettra dâavoir une plateforme opĂ©rationnelle dâĂ©valuation des mĂ©thodes de rĂ©fĂ©rences ainsi que les toutes derniĂšres de lâĂ©tat de lâart qui seront intĂ©grĂ©es au fur et Ă mesure. Lâadjonction de bases de donnĂ©es ouvrira des perspectives pour faire des comparaisons de mĂ©thodes de façon rapide et
efficace.
Profil du candidat
Au cours de ce stage, le ou la candidat(e) sera amenĂ©(e) Ă interagir principalement avec l'Ă©quipe de traitement de l'image de MIRCen (informaticiens, mĂ©thodologistes en traitement de lâimage, etc.) et les neurobiologistes des plateformes dâhistologie et de microscopie.
Compétences requises:
- TrĂšs bonne connaissance des environnements Linux et Windows,
- MaĂźtrise de la programmation dans les langages C, C++ et Python.
- Connaissances gĂ©nĂ©rales des techniques de traitement de lâimage (segmentation, machine learning â deep learning) et d'un outil de gestion de sources (github) serait un plus.
- Savoir utiliser les suites bureautiques standards (Open Office,
Office). - Bonnes capacitĂ©s dâadaptation Ă des environnements
multidisciplinaires, de coordination et de travail en équipe
Le ou la stagiaire bĂ©nĂ©ficiera pour rĂ©aliser ces dĂ©veloppements des savoirs faire, de lâencadrement des Ă©quipes du CEA et de l'infrastructure
informatique existante (serveurs de calculs internes, plateforme logicielle).
Formation requise:
- Ecole ingĂ©nieur, Master de recherche dans les sciences de lâinformation, traitement de lâimage et du signal
ConformĂ©ment aux engagements pris par le CEA en faveur de l'intĂ©gration des personnes handicapĂ©es, cet emploi est ouvert Ă toutes et Ă tous. Le CEA propose des amĂ©nagements et/ou des possibilitĂ©s d'organisation pour lâinclusion des travailleurs handicapĂ©s.
Localisation du poste
Site
Fontenay-aux-Roses
Localisation du poste
France, Ile-de-France, Hauts-de-Seine (92)
Ville
Fontenay aux Roses
CritĂšres candidat
DiplÎme préparé
Bac+5 - Master 2
Demandeur
Disponibilité du poste
01/01/2025
Tags: Deep Learning GitHub GPU Linux Machine Learning Python Research
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