Software Engineer (Jr to Sr Levels)

About us:

Nomic was founded with the purpose of making biology easier to measure. To do this, we have untangled some of the most difficult problems in protein profiling. Our team is combining DNA nanotechnology, high-dimensional flow cytometry, laboratory automation, and machine learning to develop the world’s highest throughput proteomic platform: the nELISA.

Since spinning out of McGill University, we have partnered with and provided platform access to dozens of drug discovery groups including GSK, 4 of the top 10 pharmas, and leading biotechs. We have recently launched a state of the art manufacturing and protein profiling facility that enables multiplexed measurement of >2.5M samples a year, generating an effective 500M protein assays in the process.

We are building a diverse team of engineers, scientists, and world-changers. We like to break down difficult problems using a first principles approach, often leveraging the latest breakthroughs from across the scientific and technological spectrum to drive our mission forward.

Nomic is headquartered in Montreal, Canada with a satellite research lab in Boston, Massachusetts. The majority of our team is based in Montreal and works in a new, shared office/laboratory space.

About the role:

Our Software team’s mission is to design, build, and support world class software that empowers all nELISA users with proteomics superpowers, including internal at Nomic. Software is integral to our vision of the future, and every aspect of our company today will depend on improving our software stack. Functionally, our software stack includes (i) an in-house developed full-stack LIMS that underpins inventory, manufacturing, lab operations, and that will continue to drive further lab automation going forward; (ii) data pipelines and associated cloud data infrastructure to monitor, decode, and quantitatively analyze flow cytometry nELISA experiments; and (iii) a customer-facing web portal that enables nELISA users to visualize and analyze their proteomic datasets at scale seamlessly in the browser.

As a Software Engineer, you will be responsible for building all core components of the nELISA software stack, and scaling them as needed, often as a member of cross-functional projects working closely with our broader Engineering, Commercial, and Lab Operations teams. You will also get to build internal tools that create and support data-driven feedback loops for our teammates in R&D, automation, manufacturing, customer success, and bioinformatics. In short, you will get to make substantive changes and build the core components of the software stack that underpins the nELISA’s technological flywheel.

You will therefore get to play a critical, first-hand role in developing core improvements to the LIMS, web portal, and data infrastructure for handling all things nELISA data. In particular, you will:

• Write sub-components of our software stack from scratch, such as database schemas, analysis pipelines and new analysis algorithms, cloud infrastructure and related IaC, full stack web interfaces, machine learning models, and APIs that will be consumed both by our own services, and by customers.

• Develop improved internal tools for our LIMS, and software for our R&D teams, in order to increase operations and R&D velocity in the lab, including developing and implementing an electronic lab notebooks (ELN) plan tailor fit to our profiling and manufacturing lab operations.

• Write modular software that we can use to create efficient analysis pipelines and internal QC tools, making use of existing libraries, open source platforms, and commercial options as best suited to the challenges at hand.

• Build better interfaces to the tools that are available out-of-the-box from our robotic lab automation equipment suppliers, and extend these capabilities going forward so as to enable our lab teams to interface with our software stack as seamlessly as possible.

• Contribute improvements to the codebase that enable us to further scale up our nELISA decoding and analysis pipelines, write test cases, integrate components of the stack with appropriate monitoring and analytics, and set up robust CICD infrastructure when appropriate.

• Deploy and scale our data pipelines for processing flow cytometry data into quantitative protein concentrations. This will be done in close collaboration between our Data Engineering and Software Engineering teams.

• This role will involve substantial communication and teamwork not just within our software engineering team at Nomic, but also with the broader range of internal users of the LIMS, data portal, and data pipeline software, including customers at times.

What we’re looking for - and please note that we are looking for hires across Jr to Sr levels:

• 4+ years of full stack software engineering experience.

• 2+ years experience writing code in the biotech and/or life sciences industry.

• Technical skills in one of algorithm development, signal processing, image analysis, computational biology and/or bioinformatics.

• Experience developing new data analysis pipelines and algorithms for biochemical assays (or similar), such as ELISA, flow cytometry, mass spec, and/or NGS.

• Bachelors or Masters degree in engineering or computer science (or related field), or equivalent industry experience.

• Experience working in Python as part of a small software team, ability to rapidly prototype and code modular software to improve and extend an existing codebase.

• Experience developing at least one of the following: Built extensions on an existing LIMS in close collaboration with scientists as your end-users (e.g. Benchling), written software that interfaces with lab equipment (such as liquid handers or cytometers), and/or established high performance data pipelines and data stores for biological data that support user workflows (data lakes, viz layers, etc).

• Excellent communication skills (written, verbal, and in a codebase) and an independent problem solver.

• Fluency in English is required as our customers and vendors are primarily located in the USA. In addition, this position will interact with our team members within our USA entity.

Join us if you:

• Connect deeply with our mission, ambition and sense of duty. Our mission isn’t marketing flash: we developed our technology to better measure biology and discover biomarkers for early disease detection. We firmly believe we will be successful in literally eradicating certain diseases by enabling them to be diagnosed earlier. We also believe that our hard work to bring this technology to its full potential is our duty.

• Are up for a challenge and want to grow: We are a team of problem-solvers, and we continually put ourselves to the test and go into the unknown. We have a growth mindset, both on hard and soft skills, and we rely on each other to give critical and candid feedback to ensure that we can all reach our full potential.

• Want to be at the cutting-edge of biotechnology. The nELISA is a new tool that leverages DNA nanotechnology to generate proteomic data more efficiently than ever before. You get to design and build the data pipelines that will support the scaling of this technology going forward.

• Love writing code and working with bioscience users, and want to drive improvements in the lives of scientists from a full-stack software development perspective.

• Prefer working and communicating within a diverse cross-functional team. You would get to interface with teammates from the R&D, Engineering, Operations, and Commercial teams on a daily basis, joining a collaborative, diverse, and inclusive team where your ideas will be valued.

• Want the responsibility of addressing some of our hardest problems. Software is one of our core competencies and writing code at Nomic has the potential for widespread impact, both for all aspects of our company internally, and directly for our customers who are using nELISA data to carry out life saving scientific research that will ultimately impact patients. 

If you are passionate about writing full stack software for biology, want to drive innovation in proteomics, and are eager to make a meaningful impact in the world, we invite you to apply and join us on our journey to redefine proteomics and the understanding of biology.

À propos de nous:

Nomic a été fondée dans le but de rendre la biologie plus facile à mesurer. Pour ce faire, nous avons démêlé certains des problèmes les plus difficiles dans le profilage des protéines. Notre équipe combine la nanotechnologie ADN, la cytométrie en flux à haute dimension, l'automatisation des laboratoires et l'apprentissage automatique pour développer la plateforme de protéomique la plus performante au monde : la nELISA.

Depuis que nous avons émergé de l'Université McGill, nous avons collaboré et fourni l'accès à notre plateforme à des dizaines de groupes de découverte de médicaments, tels que GSK, 4 des 10 plus grandes entreprises pharmaceutiques et des entreprises de biotechnologie de premier plan. Nous avons récemment mis sur pied une technologie innovatrice de fabrication et de profilage de protéines qui permet la mesure multiplexée de plus de 2,5 millions d'échantillons par année, ce qui génère concrètement 500 millions d'analyse de protéines au courant du processus.

Nous constituons une équipe diversifiée d'ingénieurs, de scientifiques et de changeurs du monde. Nous aimons décomposer les problèmes difficiles en utilisant une approche de principes fondamentaux, souvent en exploitant les plus récentes avancées scientifiques et technologiques pour faire progresser notre mission.

Le siège social de Nomic est situé à Montréal, Canada, avec un laboratoire de recherche satellite à Boston, Massachusetts. La majorité de notre équipe est basée à Montréal et travaille dans un nouvel espace de bureaux/laboratoires partagés.

À propos du poste:

La mission de notre équipe logicielle est de concevoir, construire et soutenir des logiciels de classe mondiale qui donnent à tous les utilisateurs de nELISA des superpouvoirs en protéomique, y compris en interne chez Nomic. Les logiciels sont essentiels à notre vision de l'avenir, et chaque aspect de notre entreprise aujourd'hui dépend de l'amélioration de notre suite logicielle. Fonctionnellement, notre suite logicielle comprend (i) un LIMS développé en interne qui sous-tend l'inventaire, la fabrication, les opérations de laboratoire et qui continuera à favoriser l'automatisation du laboratoire à l'avenir ; (ii) des pipelines de données et une infrastructure de données cloud associée pour surveiller, décoder et analyser quantitativement les expériences de cytométrie en flux nELISA ; et (iii) un portail web destiné aux clients qui permet aux utilisateurs de nELISA de visualiser et d'analyser leurs ensembles de données protéomiques à grande échelle de manière transparente dans le navigateur.

En tant qu'Ingénieur(e) logiciel, vous serez responsable de la construction de tous les composants principaux de la suite logicielle nELISA et de leur mise à l'échelle au besoin, souvent en tant que membre de projets transversaux travaillant en étroite collaboration avec nos équipes d'ingénierie, commerciale et des opérations de laboratoire. Vous construirez également des outils internes qui créent et soutiennent des boucles de rétroaction basées sur les données pour nos collègues en R&D, automatisation, fabrication, succès client et bioinformatique. En bref, vous apporterez des changements substantiels et construirez les composants principaux de la suite logicielle qui sous-tend la dynamique technologique de nELISA.

Vous jouerez donc un rôle critique et direct dans le développement des améliorations de base du LIMS, du portail web et de l'infrastructure de données pour gérer tout ce qui concerne les données nELISA. En particulier, vous :

• Écrirez des sous-composants de notre suite logicielle à partir de zéro, tels que les schémas de bases de données, les pipelines d'analyse et les nouveaux algorithmes d'analyse, l'infrastructure cloud et les IaC associés, les interfaces web full-stack, les modèles d'apprentissage automatique et les API qui seront utilisés à la fois par nos propres services et par les clients.

• Développerez des outils internes améliorés pour notre LIMS et des logiciels pour nos équipes R&D, afin d'augmenter la vitesse des opérations et de la R&D au laboratoire, y compris le développement et la mise en œuvre d'un plan de cahiers de laboratoire électroniques (ELN) adapté à nos opérations de profilage et de fabrication en laboratoire.

• Écrirez des logiciels modulaires que nous pouvons utiliser pour créer des pipelines d'analyse efficaces et des outils de QC internes, en utilisant les bibliothèques existantes, les plateformes open source et les options commerciales les mieux adaptées aux défis à relever.

• Construirez de meilleures interfaces avec les outils disponibles sur le marché fournis par nos fournisseurs d'équipements d'automatisation de laboratoire, et étendrez ces capacités à l'avenir pour permettre à nos équipes de laboratoire d'interagir avec notre suite logicielle de manière aussi transparente que possible.

• Apporterez des améliorations à la base de code qui nous permettront de continuer à faire évoluer nos pipelines de décodage et d'analyse nELISA, écrire des cas de test, intégrer les composants de la suite avec une surveillance et des analyses appropriées, et mettre en place une infrastructure CICD robuste lorsque cela est approprié.

• Déploierez et mettrez à l'échelle nos pipelines de données pour traiter les données de cytométrie en flux en concentrations protéiques quantitatives. Cela se fera en étroite collaboration entre nos équipes d'ingénierie des données et de l'ingénierie logicielle.

• Ce rôle impliquera une communication substantielle et le travail en équipe non seulement au sein de notre équipe d'ingénierie logicielle chez Nomic, mais aussi avec la gamme plus large d'utilisateurs internes du LIMS, du portail de données et des logiciels de pipelines de données, y compris parfois des clients.

Ce que nous recherchons - et notez que nous recherchons des candidats de niveaux Jr à Sr :

• 4+ ans d'expérience en ingénierie logicielle full-stack.

• 2+ ans d'expérience en écriture de code dans l'industrie de la biotechnologie et/ou des sciences de la vie.

• Compétences techniques dans l'un des domaines suivants : développement d'algorithmes, traitement du signal, analyse d'images, biologie computationnelle et/ou bioinformatique.

• Expérience dans le développement de nouveaux pipelines d'analyse de données et d'algorithmes pour des essais biochimiques (ou similaires), tels que ELISA, cytométrie en flux, spectrométrie de masse et/ou NGS.

• Baccalauréat ou maitrise en ingénierie ou en informatique (ou domaine connexe), ou expérience équivalente dans l'industrie.

• Expérience de travail en Python dans une petite équipe logicielle, capacité à prototyper rapidement et à coder des logiciels modulaires pour améliorer et étendre une base de code existante.

• Excellentes compétences en communication (écrite, verbale et dans une base de code) et résolution de problèmes de manière indépendante.

• Expérience dans le développement d'au moins l'un des éléments suivants : extensions construites sur un LIMS existant en étroite collaboration avec des scientifiques en tant qu'utilisateurs finaux (par exemple Benchling), logiciels d'interface avec des équipements de laboratoire (tels que des manipulateurs de liquides ou des cytomètres), et/ou pipelines de données haute performance et entrepôts de données pour des données biologiques qui soutiennent les flux de travail des utilisateurs (lacs de données, couches de visualisation, etc.).

• La maîtrise de l'anglais est requise car nos clients et fournisseurs sont principalement situés aux États-Unis. De plus, ce poste interagira avec les membres de notre équipe au sein de notre entité américaine

Joignez-vous à notre équipe si:

• Notre mission vous stimule, répond à vos ambitions et votre sens du devoir. Notre mission n'est pas un simple coup de publicité : nous avons développé notre technologie pour mieux mesurer la biologie et découvrir des biomarqueurs pour la détection précoce des maladies. Nous croyons fermement que nous réussirons à éradiquer littéralement certaines maladies en permettant leur diagnostic plus tôt. Nous croyons également que notre travail acharné pour amener cette technologie à son plein potentiel est notre devoir.

• Vous êtes prêt(e) à relever un défi et à grandir : nous sommes une équipe de solutionneurs de problèmes, et nous nous mettons constamment à l'épreuve et plongeons dans l'inconnu. Nous avons une mentalité de croissance, tant sur les compétences techniques que générales, et nous comptons les uns sur les autres pour donner des retours critiques et francs afin de nous assurer que nous puissions tous atteindre notre plein potentiel.

• Vous souhaitez être à la pointe de la biotechnologie. La nELISA est un nouvel outil qui exploite la nanotechnologie ADN pour générer des données protéomiques plus efficacement que jamais auparavant. Vous aurez la possibilité de concevoir et de construire les pipelines de données qui soutiendront l'évolution de cette technologie.

• Vous aimez écrire du code et travailler avec des utilisateurs en biosciences, et souhaitez améliorer la vie des scientifiques d'un point de vue du développement logiciel full stack.

• Vous préférez travailler et communiquer au sein d'une équipe diversifiée et multi-disciplinaire. Vous serez en contact avec des collègues des équipes de R&D, d'ingénierie, des opérations et des équipes commerciales au quotidien, rejoignant une équipe collaborative, diversifiée et inclusive où vos idées seront valorisées.

• Vous voulez la responsabilité de résoudre certains de nos problèmes les plus difficiles. Le logiciel est l'une de nos compétences de base et l'écriture de code chez Nomic a le potentiel d'avoir un impact à grande échelle, autant pour tous les aspects de notre entreprise en interne que directement pour nos clients qui utilisent les données nELISA pour mener des recherches scientifiques salvatrices qui auront en fin de compte un impact sur les patients.

Si vous êtes passionné(e) par l'écriture de logiciels full-stack pour la biologie, souhaitez stimuler l'innovation en protéomique, et désirez avoir un impact significatif sur le monde, nous vous invitons à postuler et à nous rejoindre dans notre mission de redéfinir la protéomique et la compréhension de la biologie.